La terapia asistida por animales surgió a partir de la creencia en los poderes sobrenaturales de los animales y sus espíritus. Se especula que apareció por primera vez en los grupos de cazadores y recolectores antiguos. En los tiempos modernos los animales son vistos como «agentes de socialización» y como proveedores de «apoyo social y la relajación.» El primer uso reportado de terapia asistida por animales (TAA) para los enfermos mentales se llevó a cabo a finales del siglo 18, en el Retiro de York en Inglaterra, dirigido por William Tuke. A los pacientes en este centro se les permitía pasear por los jardines, donde permanecían pequeños animales domésticos como instrumentos eficaces para la socialización. En 1860, el Hospital de Bethlem en Inglaterra siguió la misma tendencia e incluyó animales en las salas, influyendo en gran medida en el estado de ánimo de los pacientes.

Se dice que Sigmund Freud mantuvo presente a su perro Jofi en las primeras sesiones del psicoanálisis, pues se dio cuenta de que la presencia del perro era útil para que el paciente se animara, se relajara y se sintiera más confiado.  Esto resultaba más eficaz cuando el paciente era un niño o adolescente. La ​​teoría detrás de la TAA es lo que se conoce como teoría del apego.
Otro ejemplo del uso y reconocimiento de esta unión hombre-animal fue por el Dr. Levinson, quien descubrió accidentalmente el uso de la terapia con animales para los niños. En una ocasión salió y dejó a solas, a su perro con un niño difícil, al regresar encontró al niño hablando con el perro.

Por otra parte el ejército de EE.UU. promovió el uso de perros como una intervención terapéutica con los pacientes psiquiátricos en 1919 en el Hospital de St Elizabeth, en Washington DC.